据《厄立特里亚航海记》所述，在公元1世纪罗马商人以埃及港口为据点在红海沿岸从事贸易活动时候，摩加迪沙已是一个重要的航运中心。公元900年左右，穆斯林贸易者开始在这座索马里城市中定居，从此处起始的商路远至中国、越南和斯里兰卡等国。当摩洛哥探险家兼文学家伊本·白图泰于1331年来访的时候，摩加迪沙达到了繁荣的巅峰，是“非洲之角”地区最显赫的城市。

旅行者的记述令摩加迪沙的富庶成为欧洲人心目中的传奇。瓦斯科·达·伽马在15世纪时到达了此处，发现这座城市修建得十分美丽和坚固，城中遍布着四五层楼的房屋、众多的清真寺，市中心矗立着宏伟的宫殿。根据一个世纪之后的葡萄牙旅行家杜阿尔特·巴博萨的记载，有多达数百艘来自遥远国度、满载布匹和香料的船舶抵达摩加迪沙港口，当地出产的交易黄金、蜡油和象牙。巴博萨还提到，摩加迪沙也是盛产埃及和叙利亚所珍视的轻质面料的纺织中心。

在贪婪的驱使下，欧洲列强试图将这个城市变为他们的殖民地；葡萄牙人的努力以失败告终，后来英国东印度公司一度控制了摩加迪沙。1892年，摩加迪沙被桑给巴尔苏丹租借给了意大利，并于1905年成为意属索马里的首府。1960年，索马里以和平方式赢得独立。然而1991年爆发的内战摧毁了民主政府。自1994年联合国撤出派驻此地的维和部队之后，敌对的地方武装之间冲突不断，摩加迪沙一直处于动荡之中，昔日的繁华港口也逐渐变得破败不堪。