蒙巴萨的建城史已埋没于混乱矛盾的历史记载之中，不过人们认为这座现今肯尼亚的第二大城市约在公元10世纪左右已存在定居点。中古时代的蒙巴萨是一座以象牙出口为经济支柱的繁荣城市。蒙巴萨还以其经济作物而闻名遐迩，其种植园出产的椰子、腰果和小米等通过印度洋的商路远销海外。蒙巴萨的港口名为启林迪尼港，是肯尼亚唯一的国际口岸，使该城成为肯尼亚重要的商业贸易中心。如今蒙巴萨最主要的出口货物依然是农产品，尤其是咖啡、茶叶以及谷物。